Kunszentmiklós népe a hódoltság idején, a 16. század derekán vált reformátussá a többi felsőkiskunsági faluval együtt, Szegedi Kis István és Skaricza Máté térítő munkája nyomán.
A hagyomány szerint első sövénytemploma az l6oo-as évek elején épült a falut átszelő Bakér partján, a mostani templomtól keletre, mintegy 5o- 6o méter távolságra Ezt a templomot láthatta és írta le a tudós honismereti szerző, Bél Mátyás, itt jártakor, az 173o-as évek elején.
A múlt század közepén a lányok tanítójaként és a gyülekezet kántoraként itt működő Földváry Antal naplójában említi meg, hogy 1734-ben új templom épült az előbbi helyén, "ennek az alapja kőből volt, fellyebb vályog, padlássa deszka tarkára festve, szószék fából, felette pelikán madár fiaival.-
A templomnak tornya még nem volt, ennek építésére csak 1754-ben nyert engedélyt a gyülekezet Mária Teréziától, és föl is épült a torony a mostani helyén, azonban jóval alacsonyabbra, Földváry szerint "...nem volt magosabb a rostélyná/.- (Vagyis a mostani toronysisak alsó széléig ért a csúcsa!)
A ma is álló, a toronyhoz csatlakozó kései barokk templomhajó alapkövét l786-ban rakta le Szőnyi Virág Mihály püspök, építése 1792-ben fejeződött be, és akkor bontották le a régi templomot, de annak kőből faragott bejárati ajtókeretét beépítették az új templomba, a torony és a hajó közé. Az
utolsó jelentős építkezésre 1819-2o-ban került sor, amikor Hild József építész és Hacker József ácsmester a mai magasságára emelték a tornyot. Ekkor került helyére az új harang, az óraszerkezet a számlapokkal, és az orgona.
Baksay Sándor lelkész, püspök 1891 és 1911 között alakíttatja ki a három timpanonos bejáratot, a mai formájára építteti újjá a toronysisakot, kikövezteti a templom környékét, új orgonát állíttat be, és a régi zsindely helyett palával boríttatja a templom tetejét.
Baksay nevéhez fűződik a mostani, klasszicista stílusú parókia emeltetése is 1878-ban, amelyet az Iliász-fordító tudós pap maga keresztelt tréfás-görögösen Bakerion névre.
Az 1990-es évek végére szükségessé vált a templom felújítása, mely két ütemben volt lehetséges. A torony 2002-re, míg a templomhajó 2005-re újult meg teljes egészében.